Ryuuko Matoi es una chica que va a todos lados con una particular media tijera roja, buscando al portador de la otra media tijera, quien mató a su padre. El instituto Honouji es una escuela secundaria reinada por el miedo, impartido por el consejo estudiantil. Su presidente, Satsuki Kiryuuin, usa poderosos uniformes para acabar con cualquiera que se cruce en su camino.

Tras que Ryuuko sufriese una aplastante derrota a manos de Satsuki, considera que llega la hora de empezar a usar un uniforme escolar poseído llamado Senketsu, que le otorga habilidades especiales. Es hora de que Ryuuko termine con la tiranía de Satsuki y el consejo estudiantil para no sólo liberar al instituto Honouji de su mano de hierro sino además descubrir la verdad detrás de la muerte de su padre.